メインタイトル ゴジラ 2000 ミレニアム (M1)

巨大な尾 (M2)

恐怖の対面 (M3)

危機一髪 (M4)

ゴジラ・根室に現る (M5)

深海にて (M6)

6千万年の眠り (M7)

宇宙からの物体・異変 1 (M9)

自衛隊出動 (M10)

ゴジラ・テーマ 2000 ミレニアム (M34(M11♪89))

エンドタイトル 恐れる神-ゴジラ- (M39B)

フルメタルミサイル (M12A-A,M12A-B,M12A-C,M12A-D) <本編未使用曲>

フルメタルミサイル発射 (M12B) <本編未使用曲>

宇宙からの物体・飛行 (M13)

ゴジラ上陸 (M14)

謎の物体との遭遇 (M15) <本編未使用曲>

不気味な静寂 1 (M16)

不気味な静寂 2 (M17)

不吉な予感 (M8(M18))

明かされるGの驚異 (M20)

宇宙からの物体・異変 2 (M21) <本編未使用曲>

巨大UFO飛来 1 (M22)

巨大UFO飛来 2 (M23) <本編未使用曲>

新宿へ... (M24) <本編未使用曲>

地球侵略 (M25B)

爆破前 (M26)

ミ・レ・ニ・ア・ム (M29)

父への思い (M30A)

21時10分 (M30C) <本編未使用曲>

千年王国 (M31)

奇跡の生還 (M32)

オルガナイザー~「ゴジラのテーマ」(M33+M33A)

地球外生命体・誕生 (M35)

高まる緊張 (M12A-D)

地球外生命体の変貌~宇宙からの物体・異変 2 (M36 Top+End)

驚異の復活 (M11♪120)

千年王国~宇宙からの物体・異変 1 (M31+M37A)

Gの決意 (M37B)

宇宙怪獣・皮肉な運命 (M38)

エンドタイトル 恐れる神-ゴジラ- (M39A)

エンドタイトル 恐れる神-ゴジラ- (M39C+M21)

恐怖の対面 (M3) <ボーナス・トラック>

メインタイトル ゴジラ 2000 ミレニアム (M1) <ボーナス・トラック>

千年王国 (M31) <ボーナス・トラック>

恐怖の対面~ミ・レ・ニ・ア・ム (M3+M29) <ボーナス・トラック>

ゴジラ・テーマ 2000 ミレニアム (M34(M11♪89)) <ボーナス・トラック>

オルガナイザー (M33) <ボーナス・トラック>

地球外生命体の変貌 (M36 Top) <ボーナス・トラック>

驚異の復活 (M11♪120) <ボーナス・トラック>

エンドタイトル 恐れる神-ゴジラ- (Mエンディング) <ボーナス・トラック>

Gの決意 (M11♪120) <ボーナス・トラック>